何西淼教授

联系方式：

Email：XimiaoHe@hust.edu.cn

电话：158-贰七伍七-捌五35

URL：http://www.openwetware.org/wiki/Hexlab

何西淼博士，华中科技大学教授，博士生导师，同济医学院基础医学院生理学系主任，基因组与蛋白质组研究中心主任。长期从事基因组学，表观基因组学与生物信息学研究。博士阶段师从我国基因组学奠基人之一，北京基因组研究所于军副所长。曾长期在美国国家癌症研究所从事DNA甲基化与核小体分布等表观基因组学研究。现主要研究方向为表观基因组学，生物信息学和转化医学。主要包括：1）DNA甲基化，核小体排布与组蛋白修饰在细胞分化中的功能研究；2）甲基化CpG的高突变率在基因调控与疾病中的功能研究；3）核小体介导的转录因子协同作用的表观遗传学研究；和4）以个人基因组/表观基因组测序为载体，以癌症和神经系统退化性疾病为切入点开展精准医疗研究。

已在Nature、Genome Research、 PLoS Biology、Nucleic Acids Research、Epigenetics & Chromatin、BMC Genomics、Genome Biology and Evolution、PLoS One等杂志上发表文章27篇，总引用1900余次，总影响因子180多分。其中第一作者或通讯作者身份文章15篇，总引用500余次，总影响因子80多分，单篇引用最高140余次。H10-index为11。国际计算生物学协会(ISCB)与国际人类基因组组织(HUGO)成员。2016年8月起至今，担任Evolutionary Bioinformatics副主编。

2016年9月受聘为华中科技大学基础医学院教授。从事本科生（四年制，医学实验技术班）基础医学核心课程《分子细胞生物学》和《医学导论》教学；参与教学内容教学内容安排、教学大纲、考试命题和阅卷；从事研究生课程《受体与疾病》，《科研入门》和《Genetics and Genomics》（全英文）等教学活动。担任2017级医学实验技术班导师班主任，每年指导8年制基础科研每年2组。

受教育经历（从大学本科开始，按时间倒序排列）：

2004.9-2009.4 中国科学院北京基因组研究所 （博士学位 导师：于军研究员）

1997.9-2002.7 华中科技大学同济医学院医学信息学系 （学士学位 导师：邹立君）

研究工作经历（按时间倒序排列）：

2016.9-至今 华中科技大学同济医学院基础医学院医学遗传学系 教授

2014.9-2016.9  美国国立卫生研究院国家癌症研究所 Research Fellow

2009.10-2014.9 美国国立卫生研究院国家癌症研究所 博士后

2002.7-2004.9  北京华大基因研究中心 数据库组组长

近五年来承担的学术研究课题：

1. 课题名称：从表观基因组学层面进行精准医学研究

来源：国家自然科学基金委

执行年限：2017.5-2020.12

本人所起作用：项目负责人

1. 课题名称：DNA甲基化在细胞分化和疾病中的功能研究

来源：华中科技大学自主创新研究基金

执行年限：2016.09-2017.12

本人所起作用：项目负责人

1. 课题名称：Gene Regulation and Function: The B-Zip Proteins

来源：NCI/NIH

年限：10/01/2009-09/05/2016

本人所起作用：第一参与人

近五年在国内外公开发行刊物上发表的学术论文：

1. Tillo D, Ray S, Syed KS, Gaylor MR, He X., Wang J, Assad N, Durell S, Porollo A, Weirauch MT, Vinson C. The Epstein-Barr virus B-ZIP protein Zta recognizes specific DNA sequences containing 5-methylcytosine and 5-hydroxymethylcytosine. Biochemistry 56(47), 6200-6210 (2017)

2. You L*, Xie R*, Hu H, Gu G, Zheng H, Zhang J, Yang X, He X.^, Cui W^, High levels of serum β2-microglobulin predict severity of coronary artery disease. BMC Cardiovasc Disord 17(1):71. doi: 10.1186/s12872-017-0502-9 (2017)

3. Han, Y. & He, X. Integrating Epigenomics into the Understanding of Biomedical Insight. Bioinform. Biol. Insights 10, 267–289 (2016).

4. Qian, Z. et al. Genome-Wide Transcriptional Regulation and Chromosome Structural Arrangement by GalR in E. coli. Front. Mol. Biosci. 3, 1–11 (2016).

5. Khund-Sayeed, S. et al. 5-Hydroxymethylcytosine in E-box motifs ACAT|GTG and ACAC|GTG increases DNA-binding of the B-HLH transcription factor TCF4. Integr. Biol. 8, 936–945 (2016).

6. Syed, K. S. et al. 5-Methylcytosine (5mC) and 5-Hydroxymethylcytosine (5hmC) Enhance the DNA Binding of CREB1 to the C/EBP Half-Site Tetranucleotide GCAA. Biochemistry 55, 6940–6948 (2016).

7. He, X. et al. Methylated Cytosines Mutate to Transcription Factor Binding Sites that Drive Tetrapod Evolution. Genome Biol. Evol. 7, 3155–3169 (2015).

8. He, X. et al. GABPα Binding to Overlapping ETS and CRE DNA Motifs Is Enhanced by CREB1: Custom DNA Microarrays. G3 (Bethesda). 5, 1909–18 (2015).

9. Qian, Z. et al. A new noncoding RNA arranges bacterial chromosome organization. MBio 6, 1–8 (2015).

10. Chatterjee, R. * , He, X.* et al. High resolution genome-wide DNA methylation maps of mouse primary female dermal fibroblasts and keratinocytes. Epigenetics Chromatin 7, 35 (2014).

11. He, X. et al. Nucleosomes are enriched at the boundaries of hypomethylated regions (HMRs) in mouse dermal fibroblasts and keratinocytes. Epigenetics Chromatin 7, 34 (2014).

12. Deng, C. *, He, X*. & Hsueh, A. J. W. A single-nucleotide polymorphism of human neuropeptide S gene originated from Europe shows decreased bioactivity. PLoS One 8, 1–8 (2013).

13. He, X. et al. Contribution of nucleosome binding preferences and co-occurring DNA sequences to transcription factor binding. BMC Genomics 14, 428 (2013).

14. Mann, I. K*,…,He, X.* et al. CG methylated microarrays identify a novel methylated sequence bound by the CEBPB|ATF4 heterodimer that is active in vivo. Genome Res. 23, 988–997 (2013).

15. Caravaca, J. M. et al. Bookmarking by specific and nonspecific binding of FoxA1 pioneer factor to mitotic chromosomes. Genes Dev. 27, 251–260 (2013).

16. Chatterjee, R. et al. Overlapping ETS and CRE Motifs (G/CCGGAAGTGACGTCA) Preferentially Bound by GABP and CREB Proteins. G3 Genes|Genomes|Genetics 2, 1243–1256 (2012).

获得的学术研究奖励与学术兼职

2016年8月起 Evolutionary Bioinformatics副主编

2017年起-至今 同济医学院基础医学院青年学者联合会副会长，主管学术

课题组成员简介：

实验室负责人：何西淼教授，

教职成员：梁华敏副教授，胡仕良博士，金晶博士

客座：何磊博士，张哲博士，袁发浒，吴建华，张玉芬，柯霄，吴良俊，余鹏程，邓晓菲，张猜

研究生：樊逸仙（2017博士），李锦程（2017硕士）

八年制基础科研生：杨净植，孙晋夫，李喆，朱丽佳