何西淼

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华中科技大学教授，博士生导师，同济医学院基础医学院生理学系主任，基因组与蛋白质组研究中心主任。中组部第十三批“青年计划”获得者。2009年中科院北京基因组研究所获基因组学博士学位，师从于军研究员。2009年10月至2016年9月于美国国立卫生研究院国家癌症研究所历任博士后，Research Fellow。长期从事基因组学，表观基因组学与生物信息学研究。已在Nature、Genome Research、PLoS Biology、Nucleic Acids Research、Epigenetics & Chromatin、Genome Biology and Evolution、BMC Genomics、PLoS One等杂志上发表文章27篇，总引用1900余次（SCI他引1200余次），总影响因子180多分。2016年8月起至今，担任Evolutionary Bioinformatics副主编；国际计算生物学协会(ISCB)与国际人类基因组组织(HUGO)成员。2016年9月受聘为华中科技大学基础医学院教授。从事本科生（四年制，医学实验技术班）基础医学核心课程《分子细胞生物学》和《医学导论》教学；参与教学内容教学内容安排、教学大纲、考试命题和阅卷；从事研究生课程《受体与疾病》，《科研入门》和《Geneticsand Genomics》（全英文）等教学活动。担任2017级医学实验技术班导师班主任，每年指导8年制基础科研每年2组。

1.近三年讲授本科生课程情况

2.近五年讲授的研究生主要课程:

3.近五年承担的实践性教学任务

4.近五年来承担的学术研究课题：

(1)课题名称：从表观基因组学层面进行精准医学研究

来源：国家自然科学基金委/中组部计划青年项目

执行年限：2017.5-2020.12

本人所起作用：项目负责人

(2)课题名称：DNA甲基化在细胞分化和疾病中的功能研究

来源：华中科技大学自主创新研究基金

执行年限：2016.09-2017.12

本人所起作用：项目负责人

(3)课题名称：Gene Regulation and Function: The B-Zip Proteins

来源：NCI/NIH

年限：10/01/2009-09/05/2016

本人所起作用：第一参与人

5.近五年在国内外公开发行刊物上发表的学术论文：

1.Tillo D, Ray S, Syed KS, Gaylor MR, He X., Wang J, Assad N, Durell S, Porollo A, Weirauch MT, Vinson C. The Epstein-Barr virus B-ZIP protein Zta recognizes specific DNA sequences containing 5-methylcytosine and 5-hydroxymethylcytosine.Biochemistry56(47),6200-6210 (2017)

2.You L*, Xie R*, Hu H, Gu G, Zheng H, Zhang J, Yang X, He X.^, Cui W^, High levels of serumβ2-microglobulin predict severity of coronary artery disease. BMC Cardiovasc Disord 17(1):71. doi: 10.1186/s12872-017-0502-9 (2017)

3.Han, Y. & He, X. Integrating Epigenomics into the Understanding of Biomedical Insight.Bioinform. Biol. Insights10,267–289 (2016).

4.Qian, Z.et al.Genome-Wide Transcriptional Regulation and Chromosome Structural Arrangement by GalR in E. coli.Front. Mol. Biosci.3,1–11 (2016).

5.Khund-Sayeed, S.et al.5-Hydroxymethylcytosine in E-box motifs ACAT|GTG and ACAC|GTG increases DNA-binding of the B-HLH transcription factor TCF4.Integr. Biol.8,936–945 (2016).

6.Syed, K. S.et al.5-Methylcytosine (5mC) and 5-Hydroxymethylcytosine (5hmC) Enhance the DNA Binding of CREB1 to the C/EBP Half-Site Tetranucleotide GCAA.Biochemistry55,6940–6948 (2016).

7.He, X.et al.Methylated Cytosines Mutate to Transcription Factor Binding Sites that Drive Tetrapod Evolution.Genome Biol. Evol.7,3155–3169 (2015).

8.He, X.et al.GABPα Binding to Overlapping ETS and CRE DNA Motifs Is Enhanced by CREB1: Custom DNA Microarrays.G3 (Bethesda).5,1909–18 (2015).

9.Qian, Z.et al.A new noncoding RNA arranges bacterial chromosome organization.MBio6,1–8 (2015).

10.Chatterjee, R. * , He, X.*et al.High resolution genome-wide DNA methylation maps of mouse primary female dermal fibroblasts and keratinocytes.Epigenetics Chromatin7,35 (2014).

11.He, X.et al.Nucleosomes are enriched at the boundaries of hypomethylated regions (HMRs) in mouse dermal fibroblasts and keratinocytes.Epigenetics Chromatin7,34 (2014).

12.Deng, C. *, He, X*. & Hsueh, A. J. W. A single-nucleotide polymorphism of human neuropeptide S gene originated from Europe shows decreased bioactivity.PLoS One8,1–8 (2013).

13.He, X.et al.Contribution of nucleosome binding preferences and co-occurring DNA sequences to transcription factor binding.BMC Genomics14,428 (2013).

14.Mann, I. K*,…,He, X.*et al.CG methylated microarrays identify a novel methylated sequence bound by the CEBPB|ATF4 heterodimer that is active in vivo.Genome Res.23,988–997 (2013).

15.Caravaca, J. M.et al.Bookmarking by specific and nonspecific binding of FoxA1 pioneer factor to mitotic chromosomes.Genes Dev.27,251–260 (2013).

16.Chatterjee, R.et al.Overlapping ETS and CRE Motifs (G/CCGGAAGTGACGTCA) Preferentially Bound by GABP and CREB Proteins.G3 Genes|Genomes|Genetics2,1243–1256 (2012).

6.获得的学术研究表彰/奖励

2017年入选中组部“青年”计划

2017年起-至今 同济医学院基础医学院青年学者联合会副会长，主管学术